Сайт превышает лимиты нагрузки — что смотреть?

Начните со статистики и логов — они показывают виновника без гаданий.

— в разделе «Нагрузка» на странице услуги видно, какие скрипты и процессы потребляют процессор и память;
— в access-логах сайта видны запросы: постоянные переборы адресов ботами и сканерами — частая причина нагрузки на небольших сайтах;
— закройте от индексации служебные разделы, ограничьте частоту запросов и поставьте кеширование;
— если нагрузка создается нештатным кодом — это уже вопрос к разработчику сайта.
— лимиты нагрузки фиксированы; при систематическом превышении докупаются пакеты увеличения лимитов;
— нагрузка баз данных контролируется автоматически: при превышении приходят уведомления со статистикой, а если запросы идут от роботов в обход сайта — смотрите access-логи;
— на WordPress-сайтах частая причина — обращения к файлу xmlrpc.php: через него идут подборы паролей;
— на хостинге нагрузка считается по аккаунту целиком; статистика по сайтам — в разделе «Статистика»;
— единицы нагрузки сверх лимита тарифицируются — их стоимость видна на вкладке «Тариф».